Apabila sultan Siak ke 2, Tengku Buang Asmara naik takhta, ia menjadikan kemenakannya Tengku Muhammad Ali sebagai panglima besar. Kemungkinan itu untuk meringankan kepedihan hatinya akibat mundurnya ayahanda Muhammad Ali, Tengku Alam ke Johor setelah perselisihan yang terjadi antara keduanya. Jawatan ini terus dipegang oleh Muhammad Ali sampai saatnya sepupunya, Sultan Ismail naik tahta tahun 1760 menggantikan ayahandanya.[1]

Ketika armada Belanda menyerang Mempura tahun 1761, armada perang Siak yang gagah berani dipimpin oleh panglima besar Muhammad Ali. Belanda telah membuat persiapan dengan kapal perang besar. Askar Siak ditolak ke tepi bandar Mempura. Di sinilah berlaku pertempuran habis-habisan dari pahlawan-pahlawan Siak. Armada Siak hanya menggunakan rakit berapi-api dan kapal-kapal berisi ubat bedil dalam menghadapi Belanda. Walau bagaimanapun, semangat "jihad fi sabilillah" tidak reda. Dengan senjata yang terhad, mereka berjaya menenggelamkan beberapa kapal Belanda. Belanda kewalahan dan mengeluarkan senjata terakhir mereka, Tengku Alamuddin yang menghantar surat kepada Sultan Ismail dan anak lelakinya, panglima besar Muhammad Ali. Maka, demi mendengar bahawa Tengku Alam berada di pihak Belanda, pertempuran pun dihentikan dan Sultan Ismail menyerahkan takhta pada pamandanya itu berdasarkan wasiat dari ayahandanya dahulu. Muhammad Ali tetap mendampingi ayahandanya sebagai panglima besar ketika beliau naik tahta beberapa hari selepas kemunduran sepupunya, Sultan Ismail tersebut.[2]